w zalecanej dawce są zwykle dobrze tolerowane lub najczęstszymi działaniami niepożądanymi są wysypki i zaburzenia żołądkowo-jelitowe.
zaburzenia skóry: są one zwykle łagodne i łatwo odwracalne po odstawieniu leku.
zaburzenia żołądkowo-jelitowe: (nudności: z wymiotami lub bez), zapalenie jamy ustnej, biegunka, zapalenie języka i pojedyncze przypadki całego zapalenia jelita grubego, pseudomembranozy. Zgłaszano przypadki ostrego zapalenia trzustki u pacjentów leczonych tymi lekami.
zmiany w wątrobie: martwica wątroby, rzadkie przypadki zapalenia wątroby, cholestatis, podwyższone poziomy aminotransferaz i bilirubiny oraz pojedyncze przypadki zespołu zanikania dróg żółciowych.
zmiany hematologiczne: Większość zaobserwowanych zmian hematologicznych była łagodna, bezobjawowa i odwracalna po przerwaniu leczenia. Powszechnie obserwowanymi zmianami były leukopenia, granulocytopenia i małopłytkowość.
zmiany w drogach moczowych: Zgłaszano rzadkie przypadki zmniejszonej czynności nerek, śródmiąższowego zapalenia nerek, podwyższonego poziomu azotu mocznikowego we krwi, podwyższonego stężenia kreatyniny w surowicy i krystalurii.
zaburzenia układu nerwowego: neuropatia( w tym obwodowe zapalenie nerwu i parestezje), halucynacje zapalenia błony naczyniowej oka.
zaburzenia układu mięśniowo-szkieletowego: rzadkie przypadki bólu stawów i mięśni oraz pojedyncze przypadki rabdomiolizy.
zmiany metaboliczne: Trimetoprim może prowadzić do hiperkaliemii, gdy jest podawany pacjentom z poważnymi zaburzeniami metabolizmu potasu; niewydolność nerek lub przyjmowanie leków powodujących hiperkaliemię.
zgłaszano przypadki hiponatremii. Przypadki hipoglikemii występują rzadko u pacjentów bez cukrzycy. Trimetoprim i sulfametoksazol są leczone, zwykle w ciągu kilku dni od rozpoczęcia leczenia. Pacjenci ze zmniejszoną czynnością nerek, chorobami wątroby lub niedożywieniem lub otrzymujący Wysokie dawki trimetoprimu i sulfametoksazolu są narażeni na zwiększone ryzyko.