Abstract
Achtergrond: Small nucleolar RNAs (snoRNAs) zijn een klasse van niet-coderende RNAs die de modificatie van specifieke nucleotiden in ribosomal RNAs (rRNAs) en small nuclear RNAs (snRNAs) begeleiden. Hoewel de meeste niet-codeert RNAs post-transcriptional wijzigingen vóór rijping ondergaan, blijft de functionele betekenis van deze wijzigingen onbekend. Hier introduceren we de snorna orthological gen database (snOPY) als een hulpmiddel voor het bestuderen van RNA-modificaties. Bevindingen. snOPY biedt uitgebreide informatie over snoRNAs, snorna gene loci, en target RNAs. Het bevat ook gegevens voor orthologues van diverse species, die gebruikers toestaat om de evolutie van snornagenen te analyseren. In totaal, 13.770 snoRNA genen, 10.345 snorna gen loci, en 133 doel RNAs zijn geregistreerd. Gebruikers kunnen efficiënt zoeken en toegang tot de gegevens met behulp van een eenvoudige webinterface met een reeks interne links. snOPY is vrij beschikbaar op het web op. Conclusie: snOPY is het gegevensbestand dat informatie verstrekt over de kleine nucleolaire RNAs en hun orthologen. Het zal gebruikers helpen om RNA-modificaties en snoRNA genevolutie te bestuderen. © 2013 Yoshihama et al.; licentienemer BioMed Central Ltd.