推奨用量では、一般的に耐容性が高いか、最も一般的な副作用は皮膚発疹および胃腸障害である。
皮膚疾患:これらは一般に軽度であり、医薬品の中止時に容易に可逆的である。
胃腸障害：（悪心：嘔吐の有無にかかわらず）、口内炎、下痢、舌炎および全大腸炎の単離された症例、偽膜性。 急性膵炎の症例は、これらの薬物で治療された患者において報告されている。
肝障害：肝壊死、まれな肝炎、胆汁うっ滞、トランスアミナーゼおよびビリルビンの上昇、胆管消失症候群の孤立した症例。
血液学的変化:観察されたほとんどの血液学的変化は、治療の中止時に軽度、無症候性および可逆的であった。 通常観察された変化は、白血球減少症、顆粒球減少症および血小板減少症であった。
尿路疾患: 腎機能の低下、間質性腎炎、血中尿素窒素の上昇、血清クレアチニンの上昇、および結晶尿症のまれな症例が報告されている。
神経系障害：神経障害（末梢神経炎および知覚異常を含む）、幻覚ブドウ膜炎。
筋骨格系疾患：まれな関節痛および筋肉痛および横紋筋融解症の孤立した症例が報告されている。
: トリメトプリムは、カリウム代謝の根底にある障害を有する患者に投与すると、高カリウム血症を引き起こす可能性がある;腎障害;または高カリウム血症を誘発する薬物を受けている人。
低ナトリウム血症の症例が報告されている。 低血糖は、非糖尿病患者ではめったに起こりません。 トリメトプリムおよびスルファメトキサゾールで治療され、通常は治療開始から数日以内に治療される。 減らされた腎臓機能の患者、肝臓病、または栄養不良またはTrimethoprimおよびSulfamethoxazoleの大量服用を受け取って高められた危険にあります。